Comme pour les autres aéroports suisses, l'entrée en application complète de l’accord de Schengen aura lieu à l'EuroAirport le 29 mars 2009, lors du passage à l’horaire d'été.  A partir de cette date, de nouvelles infrastructures sépareront les passagers de l’espace Schengen des autres passagers lors de leur passage dans la zone d'embarquement au départ et avant la récupération des bagages à l’arrivée.    
Le contrôle d'identité systématique sera supprimé pour les passagers voyageant au sein de l'espace Schengen. Les passagers venant de pays hors de l'espace Schengen ou s’y rendant seront par contre soumis à un contrôle d'identité systématique. Le contrôle douanier restera en vigueur pour tous les passagers. L'identification des personnes lors de l'enregistrement et de l'embarquement est également maintenue. Pour cette raison, tous les passagers doivent se munir d’une pièce d'identité.

En raison des infrastructures existantes qui prévoient déjà une séparation entre le secteur français et le secteur suisse ainsi qu'entre les passagers au départ et ceux de l'arrivée, l'EuroAirport n'a dû procéder qu'à des aménagements limités afin d'être conforme à l’accord de Schengen. Ces aménagements correspondent à un investissement d’environ 500 000 € et ont été financés par l'EuroAirport dans le cadre du budget d’investissements courant.

Aménagement infrastructurel et procédures de contrôle simplifiées pour 70% des passagers

En raison de l'application complète de l’accord de Schengen à l'EuroAirport, la répartition des passagers Schengen / non-Schengen change.  Après l’application des nouvelles mesures à partir du 29 mars 2009 et basée sur les chiffres passagers de 2008, le ratio de passagers Schengen / Non-Schengen passera de 14% / 86% à 73% / 27%. En d’autres termes, la majorité des passagers utilisant l’EuroAirport bénéficieront des procédures de contrôle simplifiées,  les trois quarts de la capacité de la zone d’embarquement étant dédiés au trafic Schengen.

Au niveau des infrastructures, les aménagements suivants seront en place :

- au niveau des départs, dans la zone d'embarquement (jetée en forme Y): deux nouveaux points de contrôle pour le corps des gardes-frontières suisses et la police aux frontières française avant l'entrée dans la zone non-Schengen.
- au niveau des arrivées: de nouvelles portes qui séparent le flux des passagers venant de l'espace Schengen de ceux venant des pays non-Schengen ainsi que deux nouveaux points de contrôle pour le corps des gardes-frontière suisses et la police aux frontières française avant la récupération des bagages.
- colmatage complet des parois de séparation entre les zones Schengen et non-Schengen
- au niveau des arrivées et départs: des locaux de contrôle supplémentaires afin que, en cas de contrôle individuel, le flux de passagers puisse être garanti.

Contrôles aux frontières pour les passagers non-Schengen

Les gardes-frontière suisses sont responsables, depuis 2007, des contrôles aux frontières des passagers à l’arrivée et au départ dans le secteur suisse de l'EuroAirport.  Même avant, les gardes-frontière étaient responsables du contrôle du trafic aérien privé. Dorénavant, les voyageurs qui partent pour une destination non-Schengen ou qui arrivent par un vol non-Schengen seront contrôlés selon les prescriptions du code frontières Schengen. Il s'agit des mêmes directives applicables aux frontières limitrophes de pays extérieurs à l'espace Schengen. Concrètement, cela signifie que chaque passager sera soumis à un contrôle d'identité. L'étendue du contrôle sera en fonction du statut du voyageur concerné. Un contrôle limité à l'entrée sera effectué pour un citoyen suisse ou un citoyen de l'Union Européenne, respectivement de l'AELE, et un contrôle complet aura lieu pour les ressortissants d'états tiers ou pour les personnes ayant besoin d'un visa. Des demandes seront également effectuées par les gardes-frontière dans le système d'information Schengen SIS. 

Pour pouvoir effectuer les contrôles d'identité nécessaires aussi rapidement que possible et selon les standards de Schengen fixés, les effectifs consacrés à la surveillance de l'aéroport ont été renforcés.  Un contrôle discret et opportun est d'une très grande importance dans l'espace Schengen. 
 
Outre le contrôle des pièces d'identité des passagers, les gardes-frontière continueront à rendre un précieux service aux citoyens suisses. En effet, il sera toujours possible, en cas de perte ou d'invalidité des papiers permettant le franchissement de la frontière, de se faire établir un passeport d'urgence avant le départ. L'an passé, plus de 1 900 personnes ont fait appel à ce service payant.

Le contrôle douanier est maintenu

L’accord de Schengen concerne le contrôle des personnes et non pas le contrôle douanier. De ce fait, les prescriptions douanières pour l'arrivée en Suisse et en France sont applicables à tous les voyageurs.

En outre, le contrôle douanier est effectué à plusieurs niveaux: outre la mission d'encaissement de l'argent, la douane prend en considération plus de 100 arrêtés ne relevant pas des douanes, comme entre autres dans les domaines du droit vétérinaire, de la protection de la santé, de la protection des espèces, des droits d'auteurs et des marques.

Outre les formalités concernant les voyageurs, la douane prend en charge, à l'EuroAirport, les formalités et contrôles concernant les marchandises dans le fret aérien et par coursier ainsi que lors de travaux de maintenance et d’aménagement des avions.